隨著武漢肺炎疫情持續擴大，對於經濟的衝擊，在開工之後將會陸續浮現，真正的挑戰才正要開始。造成海外旅遊需求大幅減少，許多來往中國的班機亦被取消，預期將對航空業者造成重大衝擊。
為了抑制疫情的擴大，中國旅行社協會在上週六 (25 日) 時宣佈，將暫停全國旅行社出團，並限制旅客入境香港。南韓最大的旅行社 Hana Tour 表示，已取消 90% 的中國出團行程。
除了首當其衝的觀光、零售業等，也將影響今年第1季、第2季我國出口表現，另外人員流動、對金融市場衝擊等問題接踵而至，預計要到第3季才能度過難關。
此外不少民眾買不到口罩，對於疫情的不確定性帶來的恐慌情緒，將導致消費熱度降溫，家庭將減少前往人多的地方消費，對於百貨、零售、餐飲等內需產業造成衝擊。
已有專家警告，武漢肺炎疫情對中國經濟的影響，可能比2003年的SARS還嚴重，基於當前中國在全球經濟中所佔的角色更大、股市估值過高和資金湧入債市，以及中國更依賴國內消費等原因，武漢肺炎對全球經濟的衝擊，也可能高於SARS。
2003 年的 SARS 疫情重創全球經濟，在 6 個月之內便造成了 400 億美元的損失，且亞太地區航空業者的載客量，亦在 2003 年 4 月份 SARS 爆發時，大跌了 45%。
且相較於2003年世界經濟正處於網路泡沫後的復甦期，中國目前的經濟增長已經放緩，且武漢肺炎爆發的時間，也正值全球經濟長期擴張的末期，因此中國的武漢肺炎疫情，將構成更大的系統性威脅。
除此之外，出口表現更將間接受到影響。去年底由於美中貿易談判朝向好的方向發展，衝突逐漸緩和，加上去年出口基期較低，各大經濟預測機構對於今年出口的預測，都偏向樂觀看待，然而武漢肺炎疫情成為新的不確定因素，將抑制出口成長。
目前台灣出口市場，中國大陸仍居首位，占比約四成左右。台灣與大陸過去二、三十年間，供應鏈關係非常密切，這樣緊密的貿易關係，受到這波疫情衝擊，對於產業影響甚鉅。
由於武漢肺炎疫情，是在農曆春節前後才慢慢浮上檯面，這段期間原本就是產能較少的過年期間，因此疫情對於經濟面的真實影響，尚未真正浮現。初五開工後，在大陸設有廠房的台商、內需產業受到的衝擊，都會成為挑戰。
而此次政府面對武漢肺炎疫情，已有過去2003年時的「抗煞」經驗為基礎，目前政府掌握情形堪稱良好。加上如今電商、網購崛起，雖疫情對內需消費市場有一定影響，但民眾仍可透過網購、外送平台進行消費，衝擊不會像當年SARS般嚴重，整體而言，預計上半年影響較深，下半年就會慢慢緩和下來。
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